Majlis Agama Islam Negeri Johor ditubuhkan pada tahun 1925 di bawah kuatkuasa Bahagian IV, Bab XV, Lembaga Aturan Bagi Pemerintahan Raja.
FUNGSI AWAL
-Menguruskan hal ehwal Agama
-Memberi khidmat nasihat mengenai adat istiadat Raja
-Memberi pelajaran / pendidikan kepada kerabat Di Raja.
-Menguruskan kebajikan masyarakat Islam
FUNGSI UTAMA
– Menguruskan dan mentadbir Kumpulan Wang Zakat & Fitrah dan mengagihkan
mengikut asnaf
– Mengurus dan mentadbir Kumpulan Wang / Harta Baitulmal.
– Mengurus dan mentadbir Kumpulan Wang Wakaf sebagai Pemegang Amanah Wakaf.
PERUBAHAN FUNGSI
Tahun 1936 perlantikan Ahli Majlis dikuatkuasakan melalui Warta Kerajaan. Dengan itu fungsi Majlis adalah sebagai Penggubal Dasar Agama Islam bagi Negeri Johor.
PENUBUHAN MAJLIS
Seksyen 4(1) Enakmen Pentadbiran Agama Islam Tahun 1978:
“Hendaklah ditubuhkan sesuatu Majlis Agama Islam Negeri Johor yang disebutkan dalam Bahasa Inggeris sebagai “ Council of the Religion of Islam Johore “ dan kemudian daripada ini disebutkan sebagai “ Majlis “ yang kekal turun temurun”.
PINDAAN ENAKMEN
Seksyen 4(1) Enakmen Pentadbiran Agama Islam Negeri Johor Tahun 2003 :
“ Maka hendaklah ada satu badan bernama “ Majlis Agama Islam Negeri Johor “ untuk membantu dan menasihati Sultan dalam perkara- perkara yang berhubungan dengan agama Islam “